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質(zhì)粒DNA的分離、純化

[2013/12/27]

  所有分離質(zhì)粒DNA的方法都包括三個(gè)基本步驟:培養(yǎng)細(xì)菌使質(zhì)粒擴(kuò)增;收集和裂解細(xì)菌;分離和純化質(zhì)粒DNA。

  1、堿裂解法原理:本實(shí)驗(yàn)采用 堿裂解法 進(jìn)行質(zhì)粒的小量制備。十二烷基磺酸鈉( SDS SDS)是一種陰離子表面活性劑,它既能使細(xì)菌細(xì)胞裂解,又能使一些蛋白質(zhì)變性。

  用SDS 處理細(xì)菌后,會(huì)導(dǎo)致細(xì)菌細(xì)胞破裂,釋放出質(zhì)粒DNA 和染色體 DNA 。兩種 DNA 在強(qiáng)堿環(huán)境都會(huì)變性。

  當(dāng)加入 pH4.8 的酸性乙酸鉀降低溶液 pH 值后,質(zhì)粒 DNA 將迅速?gòu)?fù)性,而染色體 DNA 分子巨大,難以復(fù)性。

  通過(guò)離心,大部分細(xì)胞碎片、染色體 DNA 、RNA 及蛋白質(zhì)沉淀( SDS 的作用下 )除去,而質(zhì)粒 DNA 留在上清中 。

  再用異丙醇沉淀、乙醇洗滌,可得到純化的質(zhì)粒 DNA 。

  2、實(shí)驗(yàn)材料、主要儀器和試劑

  (1)材料:含有質(zhì)粒PBLG的大腸桿菌DH5α

  (2)儀器:塑料離心管架(30孔);10、100、1000μL微量加樣器;1.5mL塑料離心管(又稱EPPendorf離心管);低溫高速離心機(jī)(20 000 r/min)一臺(tái);無(wú)菌工作臺(tái);高壓鍋;常用玻璃儀器及滴管等。

  (3)試劑:LB培養(yǎng)基成分如下:每升含有胰蛋白陳10g,酵母提取物5g,NaCI10g,瓊脂糖或瓊脂(固體培養(yǎng)基時(shí)用)15g,用NaOH調(diào)pH至7.0;pH8.0 GET緩沖液(50mmol葡萄糖,10mmol/L EDTA,25 mmol/L Tris-HCl);0.2mol/L NaOH(內(nèi)含1%的SDS),注:臨用時(shí)配;pH4.8乙酸鉀溶液(60mL 5mol/L KAc,11.5mL冰醋酸,28.5mL H2O):該溶液鉀離子濃度為3mol/L,醋酸根離子濃度為5mol/L;異丙醇;70%乙醇;pH8.0 TE緩沖液:10 mmol/LTris-HCI,lmmol/L EDTA,其中含RNA酶20ug/mL。

  3、操作步驟

  1)培養(yǎng)細(xì)菌將大腸桿菌PBLG接種在LB固體培養(yǎng)基上,37℃培養(yǎng)12h,挑一個(gè)菌斑接種在液體LB培養(yǎng)基上,37℃培養(yǎng)12~16h。

  2)從菌落中快速提取制備質(zhì)粒DNA

  (1)在無(wú)菌工作臺(tái)上取1.5mL菌液加入EPPendorf離心管中,轉(zhuǎn)速10000r/min,離心lmin,去掉上清液(注意,一定要吸干上清液)。加入150μlGET緩沖液,充分混勻,在室溫下放置10min。

  注:溶菌酶在堿性條件下不穩(wěn)定,必須在使用時(shí)新配制溶液。使用EDTA是為了去除細(xì)胞壁上的Ca2+,使溶菌酶更易與細(xì)胞壁接觸。

  (2)加入200μl新配制的0.2mol/LNaOH(內(nèi)含1%SDS)。加蓋,顛倒2~3次,使之混勻,冰上放置5min。

  注:SDS能使細(xì)胞膜裂解,并使蛋白質(zhì)變性。

  (3)加入150μl冰冷的乙酸鉀溶液(pH4.8)。加蓋后顛倒數(shù)次使混勻,冰上放置3-5min。

  (4)用低溫高速離心機(jī),轉(zhuǎn)速為10000r/min,離心5min,上清液倒入另一干凈的離心管中。

  注:乙酸鉀能沉淀SDS和SDS與蛋白質(zhì)的復(fù)合物,在冰上放置5min是為了沉淀完全。如果上清液經(jīng)離心后仍混濁,應(yīng)混勻后再冷卻至0℃重新離心。

  (5)另取一個(gè)Eppendorf管,轉(zhuǎn)入上清,并加等體積異丙醇,混勻,室溫放置5min,12000r/min離心5min,棄去上清液。

  (6)加入200μl無(wú)菌蒸餾水溶解沉淀,再加入1/2體積7.5mol/L NH4Ac,混勻后冰浴3~5min,以12000r/min離心5min。

  (7)轉(zhuǎn)移上清至新管中,并加入等體積異丙醇或2倍體積無(wú)水乙醇,室溫放置5min后以12000r/min離心30min。棄去上清。

  (8)沉淀用70%乙醇洗滌一次,小管倒置于吸水紙上,除盡乙醇,室溫自然干燥。

  (9)加入20μlTE,使DNA充分溶解,置-20℃貯存,待用。