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記2015基因組學(xué)前沿研討會之單細(xì)胞組學(xué)

[2015/7/21]

  最近幾年,關(guān)于單細(xì)胞測序的報道日益增多。事實上,單細(xì)胞測序是一個新興的領(lǐng)域。據(jù)了解,單細(xì)胞測序萌芽于2010年,13年左右才真正發(fā)展起來。2014年,單細(xì)胞測序的應(yīng)用被列為《自然—方法學(xué)》(Nature Methods)年度最重要的方法學(xué)進(jìn)展。2015基因組學(xué)前沿研討會將單細(xì)胞組學(xué)單獨列為一個單元,可見單細(xì)胞測序在當(dāng)前基因組學(xué)前沿研究中的熱度。

  本次研討會上,報告主題涉及單細(xì)胞組學(xué)領(lǐng)域的報告人,包括美國哈佛大學(xué)終身教授謝曉亮博士,美國德克薩斯大學(xué)達(dá)拉斯分校張奇?zhèn)ゲ┦,廈門大學(xué)楊朝勇博士,中國科學(xué)院重慶綠色智能技術(shù)研究院王德強博士,北京大學(xué)湯富酬博士,美國貝勒免疫研究所林巍博士,華中科技大學(xué)寧康博士,南方科技大學(xué)賀建奎博士,華中農(nóng)業(yè)大學(xué)李響同學(xué)等。

  事實上,即使是來源相同的單個細(xì)胞,由于隨機生物過程和環(huán)境擾動的原因,彼此在許多方面也存在差異,即細(xì)胞的異質(zhì)性。常見的基因組測序技術(shù)避免不了這一現(xiàn)象帶來的影響,基于這一原因,研究人員開啟了單細(xì)胞測序技術(shù)的探索之路。此次研討會的單細(xì)胞組學(xué)單元中也有多個報告涉及了單細(xì)胞/單分子測序技術(shù)的最新進(jìn)展。

  其中,謝曉亮教授,于2012年在Science發(fā)表的論文中推出了一項新技術(shù),多重退火和成環(huán)循環(huán)擴增技術(shù)(Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles, MALBAC)。這項技術(shù)能從一個細(xì)胞的基因組中,分離出DNA。據(jù)了解,這種技術(shù)能降低PCR擴增偏倚,使得單細(xì)胞中93%的基因組能夠被測序。從而使得檢測單細(xì)胞中較小的DNA序列變異變得更容易,也能夠發(fā)現(xiàn)個別細(xì)胞之間的遺傳差異。這樣的差異可以幫助解釋癌癥惡化的機制,生殖細(xì)胞形成機制,甚至是個別神經(jīng)元的差異機制。目前,這項技術(shù)已經(jīng)應(yīng)用到體外受精以及腫瘤的個性化治療中。

  來自廈門大學(xué)的楊朝勇教授,運用液滴微流控技術(shù)進(jìn)行高通量的單細(xì)胞檢測,包括分離,處理和分析DNA、RNA和蛋白質(zhì),這種技術(shù)是在微流控芯片上發(fā)展起來的一種操縱微小體積液體的全新技術(shù)。在傳統(tǒng)的液滴微流控技術(shù)基礎(chǔ)上,將“油包水”改成“油包瓊脂糖”,同時楊教授提出了一種瓊脂糖液滴微流控技術(shù)。這項技術(shù)已經(jīng)成功應(yīng)用到蛋白結(jié)晶、酶分析、化學(xué)合成、單分子/單細(xì)胞研究等分子與細(xì)胞生物學(xué)及分析化學(xué)研究領(lǐng)域中。

  據(jù)了解,上世紀(jì)90年代已有關(guān)于利用納米孔進(jìn)行核酸序列識別的報道,該方法存在DNA易位速率過快的問題。中國科學(xué)院重慶綠色智能技術(shù)研究院王德強博士,正在研發(fā)新一代單分子測序技術(shù),在直徑小于雙螺旋的固態(tài)納米孔中,通過拉伸雙鏈DNA,減慢單個分子的雙鏈DNA的易位速度。

  目前,單細(xì)胞的RNA或DNA測序方法不允許同時分析轉(zhuǎn)錄組和基因組序列。來自深圳南方科技大學(xué)的賀建奎博士介紹到,他們利用基于新一代測序技術(shù)的策略解決了這一問題。以小鼠卵母細(xì)胞為例,這種將單個卵母細(xì)胞DNA和RNA測序合并的方法可以達(dá)到基因組的高覆蓋率和低偏好性轉(zhuǎn)錄組的可重復(fù)性。這項技術(shù)將有助于實現(xiàn)生物學(xué)和醫(yī)學(xué)的核目標(biāo),即將生理或病理條件下單個細(xì)胞的基因型和表型完美地聯(lián)系起來。

  從此次研討會上單細(xì)胞組學(xué)的熱烈討論中,我們可以感受到,現(xiàn)在是單細(xì)胞測序的蓬勃發(fā)展階段,相信在不久的將來,科學(xué)工作者們能解釋更多的諸如遺傳性疾病的成因、癌癥惡化機制等問題,為精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)和個性化醫(yī)療等臨床應(yīng)用提供更堅實的理論基礎(chǔ)。