2017年諾貝爾化學(xué)獎揭曉 冷凍電鏡技術(shù)摘得桂冠
[2017/10/9]
2017年諾貝爾化學(xué)獎揭曉,冷凍電鏡技術(shù)摘得了桂冠,2017年諾貝爾化學(xué)獎授予三位冷凍電鏡領(lǐng)域的學(xué)者。這三位學(xué)者分別是德裔生物物理學(xué)家約阿基姆·弗蘭克(Joachim Frank),現(xiàn)為哥倫比亞大學(xué)教授;蘇格蘭分子生物學(xué)家和生物物理學(xué)家理查德·亨德森(Richard Henderson);瑞士洛桑大學(xué)生物物理學(xué)榮譽教授雅克·迪波什(Jacques Dubochet)。
北京時間10月4日下午5點45分,2017年諾貝爾化學(xué)獎揭曉,Jacques Dubochet, Joachim Frank和Richard Henderson獲獎,獲獎理由是“研發(fā)出冷凍電鏡,用于溶液中生物分子結(jié)構(gòu)的高分辨率測定”。
2017年諾貝爾化學(xué)獎授予三位冷凍電鏡領(lǐng)域的學(xué)者
獲獎人簡介
約阿基姆·弗蘭克(Joachim Frank)
德裔生物物理學(xué)家,現(xiàn)為哥倫比亞大學(xué)教授。他因發(fā)明單粒子冷凍電鏡(cryo-electron microscopy)而聞名,此外他對細(xì)菌和真核生物的核糖體結(jié)構(gòu)和功能研究做出重要貢獻。弗蘭克2006年入選為美國藝術(shù)與科學(xué)、美國國家科學(xué)院兩院院士。2014年獲得本杰明·富蘭克林生命科學(xué)獎。
理查德·亨德森(Richard Henderson)
蘇格蘭分子生物學(xué)家和生物物理學(xué)家,他是電子顯微鏡領(lǐng)域的開創(chuàng)者之一。1975年,他與Nigel Unwin通過電子顯微鏡研究膜蛋白、細(xì)菌視紫紅質(zhì),并由此揭示出膜蛋白具有良好的機構(gòu),可以發(fā)生α-螺旋。近年來,亨德森將注意力集中在單粒子電子顯微鏡上,即用冷凍電鏡確定蛋白質(zhì)的原子分辨率模型。
雅克·迪波什(Jacques Dubochet)
Jacques Dubochet, 1942年生于瑞士,1973年博士畢業(yè)于日內(nèi)瓦大學(xué)和瑞士巴塞爾大學(xué),瑞士洛桑大學(xué)生物物理學(xué)榮譽教授。Dubochet 博士領(lǐng)導(dǎo)的小組開發(fā)出真正成熟可用的快速投入冷凍制樣技術(shù)制作不形成冰晶體的玻璃態(tài)冰包埋樣品,隨著冷臺技術(shù)的開發(fā),冷凍電鏡技術(shù)正式推廣開來。
冷凍電鏡技術(shù)為何摘得2017年的諾貝爾化學(xué)獎
2013年,冷凍電鏡技術(shù)的突破給結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域帶來了一場完美的風(fēng)暴,迅速席卷了結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域,傳統(tǒng)X射線、傳統(tǒng)晶體學(xué)長期無法解決的許多重要大型復(fù)合體及膜蛋白的原子分辨率結(jié)構(gòu),一個個被迅速解決,紛紛強勢占領(lǐng)頂級期刊和各大媒體版面,比如程亦凡博士、施一公博士、楊茂君博士、柳正峰博士所解析的原子分辨率重要復(fù)合體結(jié)構(gòu),震驚世界。
這場冷凍電鏡革命的特點是:不需要結(jié)晶且需要樣品量極少,即可迅速解析大型蛋白復(fù)合體原子分辨率三維結(jié)構(gòu)。這場電子顯微學(xué)分辨率革命的突破有兩個關(guān)鍵技術(shù):直接電子相機(其中算法方面程亦凡博士和李雪明博士有重要貢獻)和三維重構(gòu)軟件。
引領(lǐng)這些技術(shù)突破的背后離不開三位冷凍電鏡領(lǐng)域的開拓者:理查德·亨德森(Richard Henderson)、約阿希姆·弗蘭克(Joachim Frank)和 Jacques Dubochet分別在基本理論、重構(gòu)算法和實驗方面的早期重要貢獻。
我本人與這三位科學(xué)家都有曾過面對面的交流,也是讀他們的文章進入這個領(lǐng)域的,下面簡要談?wù)勊麄兊呢暙I。
電子顯微鏡于1931年發(fā)明,但在生物學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用滯后于材料科學(xué),原因在于生物樣品含水分才會穩(wěn)定,而電子顯微鏡必須在高真空下才能工作,因此如何制作高分辨率生物電鏡樣品是個技術(shù)瓶頸。傳統(tǒng)的重金屬負(fù)染技術(shù),可以讓重金屬包被蛋白表面,然后脫水干燥制作適合真空成像的樣品,但這會導(dǎo)致樣品分辨率降低(至多保存1.5納米)。
1968年,英國劍橋大學(xué)MRC實驗室的Klug博士和他的學(xué)生DeRosier開創(chuàng)了基于負(fù)染的噬菌體病毒的電鏡三維重構(gòu)技術(shù)(Klug 博士獲1982年諾貝爾化學(xué)獎)。但如何保持生物樣品原子分辨率結(jié)構(gòu)又適合電鏡成像呢?加州大學(xué)伯克利分校的Robert Glaeser博士和他學(xué)生Ken Taylor 于1974年首次提出并測試了冷凍含水生物樣品的電鏡成像,可以有效降低輻照損傷對高分辨率結(jié)構(gòu)破壞和維持高真空,實現(xiàn)高分辨率成像的新思路,這就是冷凍電鏡(CryoEM)的雛形。
1982年,Dubochet 博士領(lǐng)導(dǎo)的小組開發(fā)出真正成熟可用的快速投入冷凍制樣技術(shù)制作不形成冰晶體的玻璃態(tài)冰包埋樣品,隨著冷臺技術(shù)的開發(fā),冷凍電鏡技術(shù)正式推廣開來。
在Klug博士提出的三維重構(gòu)技術(shù)基礎(chǔ)上,MRC實驗室的Richard Henderson博士(物理學(xué)及X射線晶體學(xué)背景)跟同事Unwin 博士1975年開創(chuàng)了二維電子晶體學(xué)三維重構(gòu)技術(shù),隨后應(yīng)用該技術(shù)技術(shù)解析了第一個膜蛋白細(xì)菌視覺紫紅質(zhì)蛋白的三維結(jié)構(gòu),1990達到3.5埃,這是一個非常了不起的工作,但是第一個類似的膜蛋白結(jié)構(gòu)的諾貝爾獎還是被X射線晶體學(xué)家米歇爾于1988年奪走了。二維晶體最大問題在于很難長出二維晶體,因而應(yīng)用范圍很窄,且容易被X射線晶體學(xué)家搶了飯碗(本人剛?cè)胄械谝粋薄三維晶體項目就被搶了)。
上世紀(jì)90年代,Henderson博士轉(zhuǎn)向了剛興起的另一項CryoEM三維重構(gòu)技術(shù),即Joachim Frank 博士發(fā)展的單顆粒分析重構(gòu)技術(shù),無需結(jié)晶就可以對一系列蛋白或復(fù)合體顆粒直接成像,對位平均分類,然后三維重構(gòu)。Henderson 博士憑借他深厚的物理學(xué)及電子顯微學(xué)功底,以及非凡的洞察力,提出實現(xiàn)原子分辨率CryoEM技術(shù)的可行性,在理論上做了一系列超前的預(yù)見,比如電子束引起的樣品漂移必須解決才能實現(xiàn)原子分辨率,為后期直接電子相機的突破指明了方向,他本人也投身于直接電子相機的開發(fā)。
因此,在這場電鏡分辨率的革命中,Henderson博士是個不折不扣的發(fā)起者。另外,三維重構(gòu)新算法的突破也有Henderson 博士的獨具慧眼有關(guān),Sjors Scheres博士在沒有很強論文情況下被他看中招募到MRC后因為開發(fā)經(jīng)典的Relion 三維重構(gòu)算法大放異彩。
最后,我們再介紹一下發(fā)展冷凍電鏡單顆粒三維重構(gòu)技術(shù)的Joachim Frank博士,他也是物理學(xué)背景。Frank 博士是單顆粒分析鼻祖,單顆粒三維重構(gòu)算法及軟件Spider的作者。
Frank 師從德國著名的電子顯微學(xué)家Hoppe博士,Hoppe學(xué)派主張對任意形狀樣品直接三維重構(gòu),后來的電子斷層三維重構(gòu)及cryoEM三維重構(gòu)技術(shù)都與他的早期思想有關(guān)。Frank博士提出基于各個分散的全同顆粒(蛋白)的二維投影照片,經(jīng)過分類對位平均,然后三維重構(gòu)獲得蛋白的三維結(jié)構(gòu),發(fā)展了一系列算法并編寫軟件(SPIDER)實現(xiàn)無需結(jié)晶的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)解析技術(shù)。尤其在核糖體三維重構(gòu)方面有一系列的重要開創(chuàng)性工作,可惜當(dāng)年核糖體結(jié)構(gòu)諾貝爾獎沒有給他,F(xiàn)在給他在cryoEM單顆粒三維重構(gòu)的一個諾貝爾獎,實至名歸。
“不務(wù)正業(yè)”的諾貝爾化學(xué)獎
諾貝爾化學(xué)獎是以瑞典著名化學(xué)家、硝化甘油炸藥發(fā)明人阿爾弗雷德·貝恩哈德·諾貝爾的部分遺產(chǎn)作為基金創(chuàng)立的5個獎項之一,從1901年至2016年,共頒發(fā)了108次,擁有175位獲獎?wù)摺?/span>
2007年-2016年的諾貝爾化學(xué)獎的獲獎情況如下:
2007年:諾貝爾化學(xué)獎授予德國科學(xué)家格哈德·埃特爾,以表彰他在“固體表面化學(xué)過程”研究中作出的貢獻。
2008年:美國Woods Hole海洋生物學(xué)實驗室的下村修、哥倫比亞大學(xué)的Martin Chalfie和加州大學(xué)圣地亞哥分校的錢永健因發(fā)現(xiàn)并發(fā)展了綠色熒光蛋白(GFP)而獲得該獎項。
2009年:英國生物學(xué)家萬卡特拉曼·拉瑪克里斯南(Venkatraman Ramakrishnan)、美國科學(xué)家托馬斯·斯泰茨(Thomas A. Steitz)和以色列女生物學(xué)家約納什(Ada E. Yonath)因在核糖體結(jié)構(gòu)和功能研究中的貢獻共同獲該獎。
2010年:美國德拉威爾大學(xué)的Richard F. Heck、普渡大學(xué)的Ei-ichi Negishi以及日本倉敷藝術(shù)科學(xué)大學(xué)的Akira Suzuki,他們發(fā)明了新的連接碳原子的方法,獲得2010年諾貝爾化學(xué)獎。
2011年:以色列科學(xué)家達尼埃爾·謝赫特曼因準(zhǔn)晶體的發(fā)現(xiàn)而獲得2011年的諾貝爾化學(xué)獎。
2012年:美國科學(xué)家羅伯特·萊夫科維茨和布萊恩·克比爾卡因“G蛋白偶聯(lián)受體研究”獲諾貝爾化學(xué)獎。
2013年:諾貝爾化學(xué)獎授予美國科學(xué)家馬丁·卡普拉斯、邁克爾·萊維特和阿里耶·瓦謝勒,以表彰他們在開發(fā)多尺度複雜化學(xué)系統(tǒng)模型方面所做的貢獻。
2014年:諾貝爾化學(xué)獎授予了美國科學(xué)家埃里克·貝齊格、威廉·莫納和德國科學(xué)家斯特凡·黑爾,以表彰他們?yōu)榘l(fā)展超分辨率熒光顯微鏡所作的貢獻。
2015年:瑞典科學(xué)家托馬斯·林達爾、美國科學(xué)家保羅·莫德里奇和土耳其科學(xué)家阿齊茲·桑賈爾因在DNA修復(fù)的細(xì)胞機制研究上的貢獻而獲得2015年的諾貝爾化學(xué)獎。
有意思的是,自1901年首次頒獎以來,諾貝爾化學(xué)獎被多次頒發(fā)給生物、生物化學(xué)、生物物理、物理等領(lǐng)域,可謂是“不務(wù)正業(yè)”。據(jù)統(tǒng)計,2001年至2016年,在已頒發(fā)的15個諾貝爾化學(xué)獎中,與生物相關(guān)的化學(xué)獎達10次之多。
北京時間10月4日下午5點45分,2017年諾貝爾化學(xué)獎揭曉,Jacques Dubochet, Joachim Frank和Richard Henderson獲獎,獲獎理由是“研發(fā)出冷凍電鏡,用于溶液中生物分子結(jié)構(gòu)的高分辨率測定”。
2017年諾貝爾化學(xué)獎授予三位冷凍電鏡領(lǐng)域的學(xué)者
獲獎人簡介
約阿基姆·弗蘭克(Joachim Frank)
德裔生物物理學(xué)家,現(xiàn)為哥倫比亞大學(xué)教授。他因發(fā)明單粒子冷凍電鏡(cryo-electron microscopy)而聞名,此外他對細(xì)菌和真核生物的核糖體結(jié)構(gòu)和功能研究做出重要貢獻。弗蘭克2006年入選為美國藝術(shù)與科學(xué)、美國國家科學(xué)院兩院院士。2014年獲得本杰明·富蘭克林生命科學(xué)獎。
理查德·亨德森(Richard Henderson)
蘇格蘭分子生物學(xué)家和生物物理學(xué)家,他是電子顯微鏡領(lǐng)域的開創(chuàng)者之一。1975年,他與Nigel Unwin通過電子顯微鏡研究膜蛋白、細(xì)菌視紫紅質(zhì),并由此揭示出膜蛋白具有良好的機構(gòu),可以發(fā)生α-螺旋。近年來,亨德森將注意力集中在單粒子電子顯微鏡上,即用冷凍電鏡確定蛋白質(zhì)的原子分辨率模型。
雅克·迪波什(Jacques Dubochet)
Jacques Dubochet, 1942年生于瑞士,1973年博士畢業(yè)于日內(nèi)瓦大學(xué)和瑞士巴塞爾大學(xué),瑞士洛桑大學(xué)生物物理學(xué)榮譽教授。Dubochet 博士領(lǐng)導(dǎo)的小組開發(fā)出真正成熟可用的快速投入冷凍制樣技術(shù)制作不形成冰晶體的玻璃態(tài)冰包埋樣品,隨著冷臺技術(shù)的開發(fā),冷凍電鏡技術(shù)正式推廣開來。
冷凍電鏡技術(shù)為何摘得2017年的諾貝爾化學(xué)獎
2013年,冷凍電鏡技術(shù)的突破給結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域帶來了一場完美的風(fēng)暴,迅速席卷了結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域,傳統(tǒng)X射線、傳統(tǒng)晶體學(xué)長期無法解決的許多重要大型復(fù)合體及膜蛋白的原子分辨率結(jié)構(gòu),一個個被迅速解決,紛紛強勢占領(lǐng)頂級期刊和各大媒體版面,比如程亦凡博士、施一公博士、楊茂君博士、柳正峰博士所解析的原子分辨率重要復(fù)合體結(jié)構(gòu),震驚世界。
這場冷凍電鏡革命的特點是:不需要結(jié)晶且需要樣品量極少,即可迅速解析大型蛋白復(fù)合體原子分辨率三維結(jié)構(gòu)。這場電子顯微學(xué)分辨率革命的突破有兩個關(guān)鍵技術(shù):直接電子相機(其中算法方面程亦凡博士和李雪明博士有重要貢獻)和三維重構(gòu)軟件。
引領(lǐng)這些技術(shù)突破的背后離不開三位冷凍電鏡領(lǐng)域的開拓者:理查德·亨德森(Richard Henderson)、約阿希姆·弗蘭克(Joachim Frank)和 Jacques Dubochet分別在基本理論、重構(gòu)算法和實驗方面的早期重要貢獻。
我本人與這三位科學(xué)家都有曾過面對面的交流,也是讀他們的文章進入這個領(lǐng)域的,下面簡要談?wù)勊麄兊呢暙I。
電子顯微鏡于1931年發(fā)明,但在生物學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用滯后于材料科學(xué),原因在于生物樣品含水分才會穩(wěn)定,而電子顯微鏡必須在高真空下才能工作,因此如何制作高分辨率生物電鏡樣品是個技術(shù)瓶頸。傳統(tǒng)的重金屬負(fù)染技術(shù),可以讓重金屬包被蛋白表面,然后脫水干燥制作適合真空成像的樣品,但這會導(dǎo)致樣品分辨率降低(至多保存1.5納米)。
1968年,英國劍橋大學(xué)MRC實驗室的Klug博士和他的學(xué)生DeRosier開創(chuàng)了基于負(fù)染的噬菌體病毒的電鏡三維重構(gòu)技術(shù)(Klug 博士獲1982年諾貝爾化學(xué)獎)。但如何保持生物樣品原子分辨率結(jié)構(gòu)又適合電鏡成像呢?加州大學(xué)伯克利分校的Robert Glaeser博士和他學(xué)生Ken Taylor 于1974年首次提出并測試了冷凍含水生物樣品的電鏡成像,可以有效降低輻照損傷對高分辨率結(jié)構(gòu)破壞和維持高真空,實現(xiàn)高分辨率成像的新思路,這就是冷凍電鏡(CryoEM)的雛形。
1982年,Dubochet 博士領(lǐng)導(dǎo)的小組開發(fā)出真正成熟可用的快速投入冷凍制樣技術(shù)制作不形成冰晶體的玻璃態(tài)冰包埋樣品,隨著冷臺技術(shù)的開發(fā),冷凍電鏡技術(shù)正式推廣開來。
在Klug博士提出的三維重構(gòu)技術(shù)基礎(chǔ)上,MRC實驗室的Richard Henderson博士(物理學(xué)及X射線晶體學(xué)背景)跟同事Unwin 博士1975年開創(chuàng)了二維電子晶體學(xué)三維重構(gòu)技術(shù),隨后應(yīng)用該技術(shù)技術(shù)解析了第一個膜蛋白細(xì)菌視覺紫紅質(zhì)蛋白的三維結(jié)構(gòu),1990達到3.5埃,這是一個非常了不起的工作,但是第一個類似的膜蛋白結(jié)構(gòu)的諾貝爾獎還是被X射線晶體學(xué)家米歇爾于1988年奪走了。二維晶體最大問題在于很難長出二維晶體,因而應(yīng)用范圍很窄,且容易被X射線晶體學(xué)家搶了飯碗(本人剛?cè)胄械谝粋薄三維晶體項目就被搶了)。
上世紀(jì)90年代,Henderson博士轉(zhuǎn)向了剛興起的另一項CryoEM三維重構(gòu)技術(shù),即Joachim Frank 博士發(fā)展的單顆粒分析重構(gòu)技術(shù),無需結(jié)晶就可以對一系列蛋白或復(fù)合體顆粒直接成像,對位平均分類,然后三維重構(gòu)。Henderson 博士憑借他深厚的物理學(xué)及電子顯微學(xué)功底,以及非凡的洞察力,提出實現(xiàn)原子分辨率CryoEM技術(shù)的可行性,在理論上做了一系列超前的預(yù)見,比如電子束引起的樣品漂移必須解決才能實現(xiàn)原子分辨率,為后期直接電子相機的突破指明了方向,他本人也投身于直接電子相機的開發(fā)。
因此,在這場電鏡分辨率的革命中,Henderson博士是個不折不扣的發(fā)起者。另外,三維重構(gòu)新算法的突破也有Henderson 博士的獨具慧眼有關(guān),Sjors Scheres博士在沒有很強論文情況下被他看中招募到MRC后因為開發(fā)經(jīng)典的Relion 三維重構(gòu)算法大放異彩。
最后,我們再介紹一下發(fā)展冷凍電鏡單顆粒三維重構(gòu)技術(shù)的Joachim Frank博士,他也是物理學(xué)背景。Frank 博士是單顆粒分析鼻祖,單顆粒三維重構(gòu)算法及軟件Spider的作者。
Frank 師從德國著名的電子顯微學(xué)家Hoppe博士,Hoppe學(xué)派主張對任意形狀樣品直接三維重構(gòu),后來的電子斷層三維重構(gòu)及cryoEM三維重構(gòu)技術(shù)都與他的早期思想有關(guān)。Frank博士提出基于各個分散的全同顆粒(蛋白)的二維投影照片,經(jīng)過分類對位平均,然后三維重構(gòu)獲得蛋白的三維結(jié)構(gòu),發(fā)展了一系列算法并編寫軟件(SPIDER)實現(xiàn)無需結(jié)晶的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)解析技術(shù)。尤其在核糖體三維重構(gòu)方面有一系列的重要開創(chuàng)性工作,可惜當(dāng)年核糖體結(jié)構(gòu)諾貝爾獎沒有給他,F(xiàn)在給他在cryoEM單顆粒三維重構(gòu)的一個諾貝爾獎,實至名歸。
“不務(wù)正業(yè)”的諾貝爾化學(xué)獎
諾貝爾化學(xué)獎是以瑞典著名化學(xué)家、硝化甘油炸藥發(fā)明人阿爾弗雷德·貝恩哈德·諾貝爾的部分遺產(chǎn)作為基金創(chuàng)立的5個獎項之一,從1901年至2016年,共頒發(fā)了108次,擁有175位獲獎?wù)摺?/span>
2007年-2016年的諾貝爾化學(xué)獎的獲獎情況如下:
2007年:諾貝爾化學(xué)獎授予德國科學(xué)家格哈德·埃特爾,以表彰他在“固體表面化學(xué)過程”研究中作出的貢獻。
2008年:美國Woods Hole海洋生物學(xué)實驗室的下村修、哥倫比亞大學(xué)的Martin Chalfie和加州大學(xué)圣地亞哥分校的錢永健因發(fā)現(xiàn)并發(fā)展了綠色熒光蛋白(GFP)而獲得該獎項。
2009年:英國生物學(xué)家萬卡特拉曼·拉瑪克里斯南(Venkatraman Ramakrishnan)、美國科學(xué)家托馬斯·斯泰茨(Thomas A. Steitz)和以色列女生物學(xué)家約納什(Ada E. Yonath)因在核糖體結(jié)構(gòu)和功能研究中的貢獻共同獲該獎。
2010年:美國德拉威爾大學(xué)的Richard F. Heck、普渡大學(xué)的Ei-ichi Negishi以及日本倉敷藝術(shù)科學(xué)大學(xué)的Akira Suzuki,他們發(fā)明了新的連接碳原子的方法,獲得2010年諾貝爾化學(xué)獎。
2011年:以色列科學(xué)家達尼埃爾·謝赫特曼因準(zhǔn)晶體的發(fā)現(xiàn)而獲得2011年的諾貝爾化學(xué)獎。
2012年:美國科學(xué)家羅伯特·萊夫科維茨和布萊恩·克比爾卡因“G蛋白偶聯(lián)受體研究”獲諾貝爾化學(xué)獎。
2013年:諾貝爾化學(xué)獎授予美國科學(xué)家馬丁·卡普拉斯、邁克爾·萊維特和阿里耶·瓦謝勒,以表彰他們在開發(fā)多尺度複雜化學(xué)系統(tǒng)模型方面所做的貢獻。
2014年:諾貝爾化學(xué)獎授予了美國科學(xué)家埃里克·貝齊格、威廉·莫納和德國科學(xué)家斯特凡·黑爾,以表彰他們?yōu)榘l(fā)展超分辨率熒光顯微鏡所作的貢獻。
2015年:瑞典科學(xué)家托馬斯·林達爾、美國科學(xué)家保羅·莫德里奇和土耳其科學(xué)家阿齊茲·桑賈爾因在DNA修復(fù)的細(xì)胞機制研究上的貢獻而獲得2015年的諾貝爾化學(xué)獎。
有意思的是,自1901年首次頒獎以來,諾貝爾化學(xué)獎被多次頒發(fā)給生物、生物化學(xué)、生物物理、物理等領(lǐng)域,可謂是“不務(wù)正業(yè)”。據(jù)統(tǒng)計,2001年至2016年,在已頒發(fā)的15個諾貝爾化學(xué)獎中,與生物相關(guān)的化學(xué)獎達10次之多。