流式細胞儀主要由四部分組成：流動室和液流系統(tǒng)，激光源和光學系統(tǒng)，光電管和檢測系統(tǒng)，計算機和分析系統(tǒng)。四大系統(tǒng)共同完成信號的產生、轉換和傳輸任務。檢測時將待測細胞或微粒制成細胞懸液，進行熒光染色后加入樣品管中。以一定壓力將待測樣品壓人流動室，在高壓下磷酸緩沖液(鞘液)從鞘液管噴出，鞘液管人口方向與待測樣品流成一定角度，這樣，鞘液就能夠包繞著樣品高速流動，組成一個圓形流束(鞘流)，待測細胞在鞘液包繞下單行排列，依次通過檢測區(qū)。流式細胞儀通常以激光作為發(fā)光源。經過聚焦后的光束，垂直照射在樣品流上，當細胞攜帶熒光素標記物通過激光照射區(qū)時，產生代表細胞內部不同物質、不同波長的熒光信號，這些信號以細胞為中心向空間360o 立體角發(fā)射，產生散射光和熒光信號。散射光包括前向角散射和側向角散射。前向角散射與被測細胞直徑的平方密切相關，反映細胞體積的大小。側向角散射光對細胞膜、胞質及核膜的折射率更為敏感，可提供有關細胞內精細結構和顆粒性質的信息。經熒光染色的細胞受到適合的光波激發(fā)后產生的熒光通過光電轉換器轉變成電信號。最常用的光電轉換器是光電倍增管。從光電倍增管輸出的電信號需要經過放大后才能被傳送到計算機，經模/數(shù)轉換器傳輸?shù)轿C處理器形成數(shù)據(jù)文件，保存在計算機上。保存在計算機上的數(shù)據(jù)可在脫機后再進行數(shù)據(jù)處理和分析。

　　細胞的分選是通過分離含有單細胞 的液滴而實現(xiàn)的。在流動室的噴口上配有一個超高頻電晶體，充電后振動，使噴出的液流斷裂為均勻的液滴，待測細胞就分散在這些液滴之中。將這些液滴充以正負不同的電荷，當液滴流經帶有幾千伏特的正負電荷偏轉板時，在高壓電場的作用下偏轉，落人各自的收集容器中，不予充電的液滴落人中間的廢液容器，從而實現(xiàn)細胞的分離。